Флаг Курганской области представляет собой прямоугольное полотнище, ширина и длина которого соотносятся как 1:2, разделённое по горизонтали на три равновеликие полосы белого, изумрудного (зелёного) и белого цветов.
В центральной части изумрудной (зелёной) полосы — курганная эмблема из герба Курганской области: два серебряных кургана (холма), один за другим, силуэты курганов разделены изумрудным (зелёным) контуром.
Обратная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.
Флаг Курганской области может воспроизводиться как в виде полотнища, так и в виде вымпела. В последнем случае изображение курганной эмблемы на центральной изумрудной (зеленой) полосе вымпела воспроизводится поперек продольной оси полотнища. Таким же образом допускается воспроизведение курганной эмблемы при вертикальном вывешивании (воспроизведении) полотнища флага Курганской области.
Оригиналы герба и флага Курганской области в цветном и черно-белом авторском исполнении, а также их описания находятся на хранении в постоянной экспозиции Курганского областного краеведческого музея и доступны для ознакомления всем заинтересованным лицам. Курганский областной краеведческий музей производит периодическую реставрацию оригиналов герба и флага Курганской области.