Флаг Федеральной службы по надзору в сфере транспорта представляет собой прямоугольное полотнище голубого цвета — цвета флага Министерства транспорта Российской Федерации. По нижнему и верхнему краям полотнища флага расположены полосы синего цвета, ширина которых составляет по одной восьмой ширины полотнища.