Флаг Томской области представляет собой прямоугольное полотнище белого цвета с отношением ширины флага к его длине — 2:3. В центре полотнища помещается изображение герба Томской области размером 1/3 от его площади. Обратная сторона флага зеркально повторяет его лицевую сторону.
Флаг для торжественных случаев имеет дополнение золотого цвета из бахромы и двух лент с кистями. Ленты разной длины крепятся в верхнем левом углу флага.