23 ноября 2004 года, приказом руководителя ФАС России, был учреждён флаг Федеральной антимонопольной службы, повторивший флаг МАП России. Зелёное прямоугольное полотнище с Государственным флагом Российской Федерации в крыже. В правой половине полотнища — эмблема Федеральной антимонопольной службы.