Флаг Федеральной службы исполнения наказаний представляет собой тёмно-синее прямоугольное полотнище с Государственным флагом Российской Федерации в крыже. В правой половине полотнища, ближе к его нижнему краю, располагается геральдический знак-эмблема Федеральной службы исполнения наказаний.